1．  鉴定体制易产生部门保护主义。我国医疗事故技术鉴定委员会是附属于卫生行政部门的，而我国卫生行政机关又是医院的主管部门，这种互相联系的体制很容易产生医疗事故鉴定中部门保护主义。加之，鉴定人员大部分为医院的工作人员，鉴定结论很容易使患者及其家庭产生“不放心”感觉。
    2． 纠纷往往久拖不决。《医疗事故处理办法》规定，对医疗事故技术鉴定委员会所作的结论，病员及其家属和医疗单位可以直接向当地人民法院起诉的，人民法院不予受理。
      虽然从立法精神规定，司法解释不能与法律规定相抵触，但人民法院仍优先执行司法解释。造成鉴定结论，尤其是省级鉴定结论具有至高无尚的权威性；而我国实行的是医疗事故三级技术鉴定制度，如逐级鉴定，不仅花费大量人力、物力，也耗费许多时间，这都是导致许多纠纷久拖不决的重要原因。
    3．  医患双方的权益得不到合法保障。现在许多医疗事故纠纷发生后，不少都采用“私了”办法解决。医疗单位愿意“私了”办法解决。医疗单位愿意“私了”的原因之一是不希望成为被篝角色，有碍医院名声，宁愿“花钱买平安”，以减少万一败诉时在社会上造成的不良影响；之二是减轻善后工作的难度等。病员一方则为了多得到经济补偿费。另外，医患双方都害怕打“马拉松”式的官司，以避免“讼累”，也是“私了”的原因之一。
    “私了”后，院方可以既不鉴定，也不定性，不会认真从中吸收教训，当事人往往不承担责任，掩盖了许多医疗失职任为；病员一方利用医院不愿张扬心理，要挟医院以谋取较高的补偿费。